Kluczowym etapem przy obliczaniu wartości ulgi IP Box jest określenie poziomu wskaźnika NEXUS.
Wskaźnik NEXUS jest mnożnikiem korekcyjnym, każdorazowo wyliczanym w oparciu o poniesione koszty związane z kwalifikowanym prawem IP, wg wzoru:

Poszczególne litery we wzorze oznaczają koszty faktycznie poniesione przez podatnika na:

1. prowadzoną bezpośrednio działalność badawczo-rozwojową związaną z kwalifikowanym IP,
2. nabycie wyników prac badawczo-rozwojowych związanych z kwalifikowanym IP, innych niż wymienione w lit. d, od podmiotu niepowiązanego,
3. nabycie wyników prac badawczo-rozwojowych związanych z kwalifikowanym IP, innych niż wymienione w lit. d, od podmiotu powiązanego,
4. nabycie przez podatnika kwalifikowanego IP.

Do w/w nie zalicza się kosztów, które nie są bezpośrednio związane z kwalifikowanym prawem własności intelektualnej, w szczególności odsetek, opłat finansowych oraz kosztów związanych z nieruchomościami.