Proces kalkulacji ulgi IP Box można podzielić na 3 etapy:
1. Obliczenie dochodu z praw własności intelektualnej
W tym celu należy obliczyć wysokość dochodu, który osiągnięto z każdego z posiadanych kwalifikowanych praw IP.
Dochody mogą pochodzić z:
- opłat lub należności z umowy licencyjnej, która dotyczy kwalifikowanego prawa własności (np. licencja na wytworzony przez przedsiębiorstwo program komputerowy);
- ze sprzedaży kwalifikowanego prawa własności intelektualnej (np. ze zbycia patentu);
- prawa uwzględnionego w cenie sprzedaży produktu lub usługi (np. dochód z patentu uwzględnionego w cenie);
- odszkodowań za naruszenie praw wynikających z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej.
2. Obliczenie kwalifikowanego dochodu z praw własności intelektualnej
Na tym etapie należy skalkulować poziom wskaźnika NEXUS, a następnie pomnożyć przez niego dochody z kwalifikowanych IP.
Wskaźnik NEXUS jest mnożnikiem korekcyjnym, każdorazowo wyliczanym w oparciu o poniesione koszty związane z kwalifikowanym prawem IP.
3. Ustalenie poziomu ulgi IP Box
Do wyliczenia podstawy opodatkowania należy zsumować wszystkie kwalifikowane dochody z kwalifikowanych praw. Następnie należy przemnożyć tą wartość przez preferencyjną stawkę podatku dochodowego IP Box wynoszącą 5%.